A metodologia da FAAT Jr. consiste em conciliar o melhor de cada método de ensino, construindo um conhecimento adequado. A sua filosofia é incentivar em cada aluno a descoberta do prazer do saber. Desde pequenos, aprendem a desenvolver a auto-estima e a primar pela amizade e bom relacionamento social, tornando-os ricos não só em conteúdo, como também em conceitos de humanidade e cidadania. Pensando nisso, é que a seleção de professores se preocupou em escolher aqueles que tinham como requisitos básicos a riqueza de conteúdo, a boa qualidade didática, a auto-estima elevada, o prazer de ensinar e o bom trato com o próximo.

Diariamente, a equipe de professores e direção se reúnem para manterem o dinamismo necessário para a boa manutenção do ambiente. Desta forma, os alunos sentem-se a vontade para procurar professores, coordenação ou direção para solucionarem seus problemas.